Microbiotes et métagénomique

Abstract

Au cours des années 1990, de nouvelles techniques d’analyse ont été appliquées à l’étude des flores et des communautés microbiennes. Ces approches essentiellement analytiques ont consisté en des inventaires moléculaires massifs. Quel bilan vingt ans après ? Sur le plan des compositions microbiennes, de leur suivi et du diagnostic, les résultats sont impressionnants. Mais que font tous ces organismes, quels sont les facteurs qui favorisent ces associations et leur maintien ? Les tentatives d’inventaires de gènes qui approchent l’exhaustivité nous permettent d’approfondir certains processus physiologiques mais ne disent guère plus. Des microbiotes ont même commencé à être manipulés. Mais comme souvent dans la dialectique entre théorie et pratique, « ça marche » mais nous sommes loin d’avoir compris comment.

Major technical advances were introduced in the study of microflora and microbial communities in the nineties. These are essentially analytical approaches conducted as frequently by brute force. What conclusions can be drawn from these analyses twenty years later? In terms of microbial compositions, monitoring and diagnosis, the results are impressive. But what do all these microorganisms do? What are the factors behind their associations and their maintenance? Gene inventories are approaching completion; they allow us to deepen some physiological processes but do not say much more. We have even begun to manipulate microbiota. But as often in the dialectic between theory and practice, it works but we are far from understanding how!