Les humains ont-ils coévolué avec le microbiote intestinal ?

Abstract

Le microbiote intestinal joue un rôle clef pour la santé. Alors que les mécanismes qui déterminent ses effets commencent à être élucidés, son évolution est peu connue. Des questions telles que « le microbiote évolue-t-il et à quel rythme ? », « quelle est son origine ? », ou « avons-nous coévolué avec nos bactéries intestinales ? », sont peu explorées. À court terme, les microbes évoluent en réponse à des modifications de l’environnement, comme le régime alimentaire de leur hôte. Sur une échelle de temps longue, l’évolution au sein d’un individu est contrebalancée par des échanges de microbes provenant d’autres individus. Ainsi, si les microbes intestinaux ont probablement évolué dans les populations, la plupart ont une longue histoire d’échanges entre populations. Savoir si l’évolution du microbiote depuis des dizaines de milliers d’années a facilité les adaptations humaines reste une question ouverte et fondamentale.

The gut microbiome plays an important role in animal physiology and development. While the molecular, cellular and ecological mechanisms that determine its diversity and impact on animal health are beginning to unfold, we still know relatively little about its evolutionary history. Fundamental questions such as “Is the microbiota evolving and at what race?”, “What are its origins?”, “What are the consequences of microbiota evolution for human health?” or “Did we co-evolve with our gut bacteria?” are only beginning to be explored. In the short term (from a few days to a few years, or microevolution), gut microbes can evolve and adapt very rapidly within an individual in responses to environmental changes, such as diet shifts, which can affect human health. On the longer term (ten to millions of years, or macroevolution), evolution within individuals is counterbalanced by the transfer of microbes from other people, so that human evolution is decoupled from the evolution of most gut microbes over many generations. This suggests that, while gut microbes have probably evolved rapidly within humans, most of them have a history of exchange between host populations over millennia. Whether the evolution of the microbiota over the last hundreds of thousands of years has facilitated human adaptations remains an open question and an exciting avenue for future research.