Le microbiome humain à l’épreuve de l’anthropocène : De la corrélation à la causalité et à l’intervention

Abstract

Si les effets délétères des activités humaines sur la biodiversité du monde végétal et animal et sur le climat sont un fait acquis, leur impact sur la biodiversité microbienne doit être urgemment considéré, particulièrement sur le microbiome humain. La révolution métagénomique permet une large analyse et un suivi spatio-temporels jusqu’à présent inenvisageables. Une réduction de la richesse et de la diversité des microbiotes humains, en particulier intestinaux, est maintenant avérée, surtout dans les aires industrialisées de la planète. Utilisation inconsidérée des antibiotiques, changements drastiques des régimes alimentaires et éléments restant à déterminer de l’exposome environnemental sont le plus souvent incriminés. En découlent des situations de dysbioses caractérisées par une érosion du cœur d’espèces microbiennes communes à tous les individus et une prolifération de pathobiontes opportunistes, sans doute due à un affaiblissement de l’effet de barrière du microbiome. Le défi actuel est d’établir un lien de causalité entre ces dysbioses et des maladies en émergence épidémique, bien que non transmissibles, comme l’asthme, l’allergie, les maladies auto-immunes, l’obésité, le diabète et certains cancers. Modèles expérimentaux et études cliniques contrôlées prospectives et interventionnelles sont indispensables pour consolider cette causalité, d’autant que dans le déchiffrage des altérations de la symbiose homme-microbiome se profile un nouveau chapitre de la médecine : la « médecine microbienne »

The deleterious effects of human activities on biodiversity in the vegetal and animal world, and on climate changes are now well-established facts. However, little is yet known on the impact of human activities on microbial diversity on the planet and more specifically on the human microbiota Large implementation of metagenomics allows exaustive microbial cataloguing with broad spatio-temporal resolution of human microbiota. A reduction in bacterial richness and diversity in the human microbiota, particularly in the intestinal tract, is now established and particularly obvious in the most industrialized regions of the planet. Massive, uncontrolled use of antibiotics, drastic changes in traditional food habits and some elements of the “global exposome” that remain to identify are usually considered as stressors accounting for this situation of “missing microbes”. As a consequence, a dysbiotic situation develops, a “dysbiosis” being characterized by the erosion of the central core of shared bacterial species across individuals and the development of opportunistic “pathobionts” in response to a weaker barrier capacity of these impoverished microbiota. The current challenge is to establish a causality link between the extension of these dysbiotic situations and the steady emergence of epidemic, non-communicable diseases such as asthma, allergy, obesity, diabetes, autoimmune diseases and some cancers. Experimental animal models combined with controlled, prospective clinical interventions are in demand to consolidate causality links, with the understanding that in the deciphering of the mechanisms of alteration of the human-microbiome symbiosis resides a novel exciting chapter of medicine: “microbial medicine”.