Le test de troncation des protéines (PTT) : un outil pour la détection de mutations dans l'ADN.

Abstract

La détection de mutations dans l’ADN représente une étape essentielle de la biologie moléculaire, pour la recherche fondamentale comme pour les applications médicales. Les stratégies actuellement disponibles pour déceler les allèles mutés sont fondées, soit sur l’utilisation de méthodes rapides mais limitées à l’identification d’un nombre restreint de mutants déterminés, soit sur l’utilisation de techniques coûteuses et laborieuses mais capables de déceler la moindre altération de séquence dans les portions essentielles des gènes. La détection de mutations est une démarche complexe et aucune des méthodes disponibles n’est applicable seule à toutes les situations, leur choix dépendant de nombreux critères (nature des mutations, taille et structure du gène, accès à l’ARNm, degrés d’efficacité et de sensibilité recherchés). Nous présentons les avantages relatifs d’une stratégie de recherche spécifique des mutations qui introduisent un signal d’arrêt prématuré de la synthèse protéique, fondée sur le test de troncation des protéines (PTT), par rapport aux techniques classiques de balayage d’un fragment d’ADN ou d’ARN telles que l’électrophorèse en gel de gradient dénaturant (DGGE), l’analyse d’hétéroduplex (HA), l’analyse de conformation de l’ADN en simple brin (SSCA) ou le clivage chimique ou enzymatique de mésappariements (CCM/EMC). Le PTT, fondé sur l’analyse de fragments d’ARN ou d’ADN transcrits et traduits in vitro, paraît être, pour certaines maladies génétiques, la façon la plus efficace et la moins coûteuse de déceler les mutations de l’ADN responsables de troncation protéique.

Mutation detection is one of the most important areas of molecular biology today; allowing the identification of new alleles for diagnostic, population genetics and structure/functions studies. Strategies for mutation detection can be divided into two groups: those that rely on cheap techniques that efficiently identify a small number of known disease alleles and those that rely on expensive and time-consuming techniques capable of scanning the genes for unknown mutations. Mutation detection is a field of considerable complexity and no single method is applicable for all situations. The most appropriate procedures are influenced bp the expected nature of mutations, size and structure of genes, availability of mRNA, efficiency requested and resources available. In this study we present the relative advantages of the protein truncation test (PTT) among the other scanning methods such as denaturing gel electrophoresis (DGGE), heteroduplexes analysis (HA), single strand conformational analysis (SSCA) or chemical/enzymatic mismatch clivage (CCM/EMC). The PTT, based on in vitro transcription/translation of stretches of DNA or RNA, appears as one of the most efficient and cost effective way to detect mutations that result in premature protein translation. [References: 24]