Escherichia coli constitue la majeure partie de la flore microbienne commensale aérobie du tube digestif de l’homme ; c’est également le bacille à Gram négatif le plus fréquemment responsable d’infections humaines. Celles-ci résultent de la rupture de l’équilibre qui existe entre la bactérie et l’hôte. Le pouvoir pathogène d’E. coli chez l’homme peut être extrêmement varié. D’un point de vue clinique, on distingue au sein de l’espèce les souches pathogènes intestinales et les souches pathogènes extra-intestinales.
Les souches pathogènes extra-intestinales sont regroupées sous la dénomination commune ExPEC (extraintestinal pathogenic E. coli) [ 1]. Les ExPEC sont incapables de produire des infections intestinales, mais peuvent coloniser le tractus intestinal. Ainsi, ce sont des pathogènes opportunistes retrouvés dans les selles des sujets sains avec une fréquence variable selon les individus et les populations humaines étudiées. Les ExPEC peuvent constituer à l’état commensal les souches prédominantes de la flore intestinale chez des hôtes sains (jusqu’à près de 20 %) [ 2]. L’acquisition digestive de souches ExPEC par l’hôte ne suffit donc pas à produire une infection, celles-ci doivent également avoir accès à un site extra-intestinal. La physiopathologie de l’infection par les ExPEC débute par la colonisation d’une muqueuse et par l’échappement aux systèmes de défenses de l’hôte, et se poursuit par la multiplication dans ce site, voire la dissémination vers d’autres sites, ce qui produit différents dommages chez cet hôte.
Les infections extra-intestinales à E. coli peuvent, chez l’homme, intéresser tous les âges et toucher tous les sites anatomiques. Elles comprennent des infections du tractus urinaire, des méningites (survenant le plus souvent chez le nouveau-né), diverses infections intra-abdominales, des pneumonies, des infections sur dispositifs intra-vasculaires, des ostéomyélites et des infections des tissus mous [1]. Des bactériémies à E. coli peuvent compliquer chacune de ces infections localisées [1].
Les bactéries à Gram négatif sont responsables de la majorité des épisodes de bactériémies et, parmi celles-ci, E. coli est l’espèce majoritaire, retrouvée dans 20-30 % des bactériémies totales [1]. Aux États-unis, 40 000 décès par an sont la conséquence d’une septicémie (sepsis) à E. coli, soit 17 % des sepsis [1]. Ainsi, les bactériémies constituent un problème majeur de santé publique par leur fréquence et leur gravité.