Vignette (© Philippe-Emmanuel Mangeot).
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Med Sci (Paris). 41(8-9): 647–656. doi: 10.1051/medsci/2025098.Ingénierie rétrovirale pour la modification des génomes 1CIRI, Centre international de recherche en infectiologie Université de Lyon, Inserm U1111, Université Claude Bernard Lyon 1, CNRS UMR5308, ENS de Lyon
,
Lyon
,
France Corresponding author. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Vignette (© Philippe-Emmanuel Mangeot). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Les recombinases et les transposases
Les enzymes telles que la recombinase CRE (
cyclization recombinase
) du bactériophage P1 [
1
] ou la recombinase FLP (flippase), dérivée du plasmide 2µ de la levure de boulangerie
Saccharomyces cerevisiae
, reconnaissent des séquences spécifiques d’ADN, appelées sites de recombinaison (LoxP [
locus of crossing-over X of P1
] pour CRE et FRT [
flippase recognition target
] pour FLP), et catalysent des réactions de recombinaison entre ces sites. Cela permet des modifications génétiques contrôlées, telles que des délétions, des inversions ou des translocations de segments d’ADN dans les cellules animales ou végétales [
2
]. Ces outils s’adressent à des génomes préalablement préparés, porteurs des sites nécessaires à la recombinaison (LoxP ou FRT).
Les protéines clivantes non guidées
Dans les années 1990, les méganucléases
1
ont été parmi les premiers agents développés pour cliver le génome humain. À la différence des enzymes de restriction bactériennes, elles reconnaissent des séquences longues (de 12 à 40 nts) et rares. Elles présentent une grande spécificité, mais leur conception est peu flexible [
3
]. Les nucléases à doigt de zinc (ZFN) [
4
]
(→)
et les TALEN (
transcription activator-like effector nuclease
) [
5
]
(→)
sont quant à elles des enzymes artificielles combinant des domaines de liaison à l’ADN modulaires avec un domaine nucléase clivant. Ces outils fondateurs permettent d’introduire des délétions et des insertions géniques, parfois avec une grande précision. Cependant, comme ils sont difficiles à concevoir « à façon », ils ont été supplantés par les techniques CRISPR (
clustered regularly interspaced short palindromic repeats
) depuis 2012.
(→) Voir m/s n° 10, 2007, page 834 (→) Voir m/s n° 2, 2014, page 186 Les protéines guidées : le système CRISPR et ses dérivés CRISPR/Cas9
Le système CRISPR repose sur l’usage de l’endonucléase bactérienne Cas9 (
CRISPR associated protein 9
) qui clive l’ADN et d’un petit ARN guide (ARNg) qui définit le site de coupure (
Figure 1
) [
6
,
7
]
(→)
.
(→) Voir m/s n° 11, 2015, pages 1 014 et 1 035
La versatilité de la technique, mais aussi sa précision relative vont stimuler la conception de dérivés CRISPR par la fusion de Cas9 avec des enzymes agissant sur le génome. Ces techniques vont fréquemment avoir recours à des mutants de Cas9 ne clivant plus qu’un seul brin d’ADN (Cas9 nickase : Cas9n) ou des Cas9 non clivantes ( dead Cas9 : dCas9) mais dont l’adressage reste possible. Ces chimères Cas9 constituent des attelages efficaces pour positionner des effecteurs génétiques sur des locus cibles, comme ceux décrits ci-après :
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Le terme général de particules pseudo-virales rétrovirales (VLPr) décrit un type de vésicules structurellement proches des rétrovirus, mais ne conduisant pas à une infection productive. Il englobe à la fois les particules incomplètes générées par les cellules infectées ( Figure 2 ), et les particules conçues artificiellement à partir d’éléments rétroviraux. D’un diamètre de 80 à 120 nm, ces particules sont dotées d’une bicouche lipidique, contiennent un ARN et codent en général la transcriptase inverse, l’enzyme qui rétro-transcrit l’ARN en ADN. Les lentivirus comme le VIH-1 (virus de l’immunodéficience humaine) et les gamma-rétrovirus de type MLV ( murine leukemia virus ) ont été particulièrement exploités pour la conception de VLPr, mais quelques rétrovirus endogènes sont aussi utilisés.
Les VLPr parmi les autres méthodes de livraison
L’introduction d’agents modificateurs du génome dans la cellule ou l’organisme peut être assurée par des particules lipidiques synthétiques, capables d’encapsuler des protéines ou des acides nucléiques, et optimisées pour fusionner avec les membranes cellulaires. Les particules lipidiques, produites facilement et à grande échelle de manière standardisée, sont particulièrement adaptées aux applications
in vivo
, bien qu’elles présentent un tropisme marqué pour le foie. Les vecteurs adénoviraux ou les AAV (
adeno-associated virus
) [
15
]
(→)
sont également largement exploités ; ces derniers peuvent être produits en grande quantité pour des usages cliniques. Les vecteurs AAV et les particules lipidiques sont aujourd’hui les vecteurs de choix pour de nombreuses approches
in vivo
. Une revue plus complète compare les avantages et les limitations de ces systèmes pour l’édition génétique [
16
].
(→) Voir m/s n° 5, 2015, page 529 Les VLPr conservent néanmoins des atouts distinctifs : leur production est techniquement peu exigeante, leur enveloppe peut être modifiée pour cibler des cellules spécifiques, et leur structure interne modulable permet l’incorporation de protéines ou d’ARN exogènes. Ces propriétés ont élargi les possibilités d’ingénierie des particules rétrovirales pour la modification du génome et ont favorisé leur grande diffusion dans les laboratoires. L’assemblage de la particule rétrovirale
Le processus d’assemblage des particules de type VIH-1 illustre la convergence complexe de protéines virales et cellulaires, d’acides nucléiques et de lipides qui préside à la formation des particules virales (
Figure 2
) [
17
]
(→)
. Chaque type de rétrovirus ayant ses spécificités, nous n’évoquerons ici que les étapes clés, avec une mise en avant des processus pouvant être détournés pour la production de VLPr.
(→) Voir m/s n° 1, 2008, page 49 La conception des pseudoparticules rétrovirales
Pour redéfinir le contenu des particules rétrovirales, des stratégies de détournement de l’assemblage consistent à forcer l’empaquetage d’un ARN exogène, ou à induire l’incorporation de protéines d’intérêt, voire les deux en même temps. La surface des particules peut également être modifiée, en imposant d’autres protéines d’enveloppe par pseudotypage [
18
] (
Figure 3
).
L’empaquetage d’un ARN exogène
L’incorporation d’un ARN d’intérêt dans les particules peut être induite en dotant l’ARN d’une séquence d’encapsidation rétrovirale naturelle (Psi ou Ψ,
Figure 3A-B
). En présence des protéines de structure virale, l’assemblage de la particule va alors s’opérer autour de cet ARN transgénique qui pourra être transmis à la cellule cible. Deux types de réalisations sont à retenir. Dans un cas, l’ARN ainsi transporté peut toujours être rétro-transcrit, puis l’ADN résultant intégré grâce aux protéines virales et aux séquences présentes en
cis
sur l’ARN. On parle alors de vecteur de transgenèse de type lentivecteur ou rétrovecteur (
Figure 3A
).
Dans un deuxième cas, l’ARN encapsidé est conçu pour être directement traduit dans la cible, sans qu’il soit rétrotranscrit ou intégré ( Figure 3B ). Les vecteurs deviennent alors des cargos à ARNm ( Tableau I ). L’encapsidation active de l’ARN d’intérêt peut dépendre de la séquence Psi, ou d’une protéine de capture reconnaissant sur l’ARN un motif aptamère 2 . Le Tableau II , adapté de [ 19 ], répertorie les couples aptamère/protéine de capture les plus utilisés.
L’incorporation de protéines exogènes
Pour assurer l’incorporation d’une protéine dans une particule rétrovirale, l’une des stratégies consiste à réaliser des fusions moléculaires entre une protéine virale présente dans la particule et une protéine d’intérêt, puis à exprimer ces fusions dans la cellule productrice. Après expression, la fusion protéine virale-protéine d’intérêt peut être incorporée dans la particule (
Figure 3C
) comme cela a été démontré par une étude clé utilisant la protéine de capside GAG de MLV [
20
]. Des travaux ont montré qu’une protéine de 286 kDa pouvait être ainsi incorporée dans la particule [
21
]. Cependant, les limites stériques de cette approche restent à documenter. La fusion entre une protéine virale et une protéine d’intérêt peut être incompatible avec un assemblage particulaire optimal, ce qui nécessite un dosage précis du ratio protéine virale/protéine d’intérêt lors de la production. L’autre inconvénient est que la protéine d’intérêt fusionnée n’est pas nécessairement bioactive sous cette forme dans la cellule cible, son activité optimale pouvant nécessiter sa séparation de la protéine virale. Le prochain chapitre aborde cette limitation.
Pour contrôler le contenu protéique des VLPr, une autre approche consiste à doter la protéine à incorporer d’un motif la localisant à la membrane, siège de la production particulaire, comme un domaine d’homologie à la pleckstrine (DHP) [ 22 , 23 ]. La libération des cargos protéiques
L’incorporation intra-particulaire de biomatériel, notamment via l’interaction avec la membrane de la cellule productrice, est suivie de sa libération dans la cellule receveuse et dans le cas de protéines agissant sur l’ADN, d’un transport nucléaire. Pour relever ce défi d’adressage, les fusions GAG-protéine d’intérêt sont munies de sites protéolytiques pouvant être clivés par la protéase virale lors de la maturation du virus (
Figure 2
, phase 6). Cette maturation est naturellement incomplète, mais peut suffire à la libération d’une quantité suffisante de protéine fonctionnelle. Ceci explique que pour plusieurs types de systèmes VLPr la fonction protéase codée par le gène Pol soit maintenue, cette enzyme servant de « bistouri » capable de libérer la protéine d’intérêt après assemblage de la particule, et d’assurer ainsi sa biodisponibilité. En testant plusieurs stratégies, des auteurs ont découvert que l’introduction, dans une fusion entre GAG et un éditeur de base (GAG-
base editing
), de signaux d’export nucléaire (NES,
nuclear export signal
) dérivés du VIH-1 améliore significativement la production de VLP-editeurs. Dans ce cas précis, la protéine GAG-NES-
base editing
se trouve dotée de signaux
a priori
contradictoires : membranaires (la matrice de GAG est affine pour la membrane), nucléaires (
l’éditeur de base
est doté d’un NLS [nuclear localization signal]) et anti-nucléaires (NES) [
24
]. Ce design semble constituer un compromis idéal pour permettre à la fois la localisation membranaire de la fusion GAG-
base editing
dans la cellule productrice (ce qui est essentiel pour la production des particules) et la disponibilité nucléaire de l’éditeur de base dans la cellule cible (ce qui est essentiel pour exercer sa fonction
)
. Il a ensuite été repris pour la conception de VLP-
prime editing
[
25
,
26
]. Enfin, certains travaux exploitent des systèmes de dimérisation inductibles qui assurent la connexion entre GAG et une protéine d’intérêt dans la cellule productrice : l’association est alors contrôlée par une petite molécule qui est absente dans les cellules cibles, ce qui libère la protéine d’intérêt [
27
].
Les approches combinées
Les systèmes de VLPr les plus élaborés administrent des complexes ribonucléoprotéiques (RNP) qui combinent les stratégies évoquées précédemment (
Figure 3D
). Par exemple, des VLPr livrant un ARNm Cas9 sont conçues en utilisant une protéine de fusion GAG-MCP (
MS2 coat protein
) capturant l’ARNm Cas9 portant l’aptamère de MS2, pour l’adresser à la membrane [
28
]. Pour plusieurs types de VLPr-Cas9, la capture intra-particulaire de l’ARNg est assurée par une Cas9 hautement affine pour l’ARNg ou le pegARN [
21
,
24
–
26
], ou par d’autres aptamères de capture comme PP7, dérivé du phage PP7 [
29
], ou Com, dérivé du phage Mu [
30
]. Dans ce dernier exemple, c’est le gARN intra-particulaire qui favorise l’incorporation de Cas9 dans la particule. On mentionnera enfin des VLPr conçues pour tirer profit des deux compartiments, nucléique et protéique, et livrant à la fois des RNP Cas9/gRNA et des transgènes intégratifs [
31
–
33
].
Le pseudotypage
La plupart des systèmes VLPr sont dotés d’enveloppes modifiées, conférant aux particules des propriétés de tropisme ou de résistance accrue. La glycoprotéine du virus de la stomatite vésiculaire (VSV-G) est la plus utilisée et assure une transduction
3,
dans la plupart des types cellulaires, ainsi que de hauts titres en particules produites, au-delà de 1 × 10
9
par ml. Plusieurs études exploitent des enveloppes optimisées pour des cellules cibles particulières [
32
,
34
], voire des mélanges d’enveloppes [
21
,
25
,
35
] ; ces combinaisons optimisent la production des lots de VLPr et leur capacité d’entrée dans la cellule cible. Les techniques de pseudotypage, particulièrement développées dans le cas des lentivecteurs, s’étendent à l’usage de motifs ciblant des molécules de surface membranaire, ou de protéines pouvant activer un signal dans la cellule cible, des stratégies qui visent à améliorer la transduction des cellules immunitaires ou des cellules souches humaines [
18
].
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La transduction de recombinases
Le transfert de la recombinase CRE a été validé dans la majorité des systèmes décrits précédemment, en grande partie parce que la recombinaison CRE/LoxP est facilement détectable, tant au niveau génétique qu’au niveau phénotypique. La recombinase CRE est fonctionnelle même à faible dose, ce qui facilite l’établissement de preuves de concept, y compris pour des systèmes VLP relativement inefficaces. En plus des lentivecteurs qui ont permis, très tôt, la livraison de la cassette d’expression CRE [
36
], d’autres procédés ont permis d’encapsider l’ARNm CRE, portant la séquence Psi, dans des particules MLV [
37
], ou en capturant ce même ARN dans des VLPr de type VIH-1
via
un aptamère MS2 [
28
], ou en exploitant une séquence de retrovirus endogène humain [
38
]. En fusionnant des recombinases à la protéine GAG de MLV, des VLPs livreurs de la protéine ont été décrits pour la CRE [
39
] et pour la FLPN [
20
].
La transduction de méganucléases, ZFN et TALEN
La méganucléase I-SceI a été exportée dans des particules du VIH-1 grâce à sa fusion avec la protéine Vpr [
40
]. Une étude ingénieuse décrit des VLPr dérivées du VIH-1, incorporant des protéines ZFN ou TALEN fusionnées à l’extrémité N-terminale de la protéine GAG [
41
]. En testant plusieurs stratégies, un autre groupe a comparé des VLPr délivrant soit des ZFN, soit des ARNm ou, de manière innovante, un ADN épisomal codant des ZFN [
42
] afin de cibler des cellules souches murines.
Transduction de systèmes dérivés de CRISPR
Le système CRISPR a été vectorisé dans divers systèmes rétroviraux en utilisant plusieurs approches d’encapsidation des effecteurs. Les réalisations les plus marquantes ont été regroupées dans le
Tableau I
et concernent essentiellement la livraison du système Cas9/ARNg, mais aussi la transduction du
base editor
[
23
,
24
,
34
] et du
prime editor
[
25
,
26
], qui ont nécessité des optimisations fines au niveau moléculaire.
L’outil lentivecteur : idéal pour l’administration de banques CRISPR
Outils pionniers pour la transgenèse thérapeutique stable [
43
]
(→)
, les lentivecteurs peuvent coder la plupart des agents d’ingénierie génétique décrits ici [
44
]. Toutefois, l’intégration stable d’outils génomiques n’est pas nécessairement souhaitable d’un point de vue biosécurité, surtout dans des approches thérapeutiques. C’est pourquoi un bon nombre d’études utilisent des lentivecteurs défectifs pour l’intégration ou capables d’auto-excision [
36
,
45
]. Dans le domaine de l’ingénierie génétique, les lentivecteurs sont particulièrement utiles à des fins d’études exploratoires, ou pour la livraison de banques d’ARNg qui permettent de réaliser des cribles à large échelle exploitant le système CRISPR-Cas9 [
46
,
47
] ou CRISPRa/i [
12
].
(→) Voir m/s n° 10, page 768 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
L’atout de la livraison transitoire
Les particules rétrovirales peuvent donc accueillir plusieurs types de molécules sans que cela altère leur production ou leur capacité de transfert. Au-delà de cette polyvalence, l’un des premiers atouts des VLPr non intégratifs (
Figure 3, B-C-D
) est leur capacité à livrer transitoirement leur contenu, ce qui limite les effets hors cibles de la Cas9, comme cela est documenté dans plusieurs études [
21
,
48
], ou les imprécisions du
prime editing
[
25
]. À ce titre, leur précision dépasse celle d’autres systèmes comme ceux reposant sur la transfection plasmidique, les adénovecteurs ou les vecteurs AAV.
L’accès aux cibles primaires et à des applications
in vivo
Comme indiqué dans le
Tableau I
pour les approches CRISPR, de nombreux types de VLPr ont été validés dans des cellules humaines primaires avec des taux de succès variés. Une attention particulière doit être portée aux techniques permettant la transduction de cellules d’intérêt thérapeutique majeur comme les cellules souches humaines [
21
,
25
,
27
,
29
,
35
,
49
], les cellules pluripotentes induites humaines (hIPSc) [
21
], ou les organoïdes humains [
50
], dans lesquels des clivages par Cas9 ont pu être mesurés à hauteur de 40 %, 67 % et jusqu’à 75 %, respectivement. L’efficacité du
prime editing
a également été quantifiée dans des cellules hIPSc à des taux de 20 %, permettant après clonage la production de lignées IPS (cellules souches pluripotentes induites) isogéniques [
25
]. Tous ces modèles constituent des cibles fragiles, difficiles à modifier génétiquement, et valident l’usage des VLPr pour des stratégies d’édition
ex vivo
. Dans l’animal, l’équipe du Dr Liu a exploité les VLP-
base editing
pour l’édition efficace de gènes dans le foie, le cerveau, et la rétine de souris [
24
], où plusieurs éditions correctives ont été rapportées pour l’approche Cas9 [
23
,
34
] et celle de
prime editing
[
26
]. En vue d’une possible utilisation
in vivo
, chez l’homme, une étude récente a aussi évalué, par une batterie de tests, les effets inflammatoires et immunitaires des VLPr dans la souris et le macaque [
34
]. Dans l’ensemble, ces travaux s’accordent sur le fait que les VLPr sont immunogènes au site d’injection, et provoquent des réactions immunitaires essentiellement contre les protéines virales de structure et l’enveloppe de la VLPr (p24), une limite qui doit être explorée plus en détail avant un usage en clinique.
L’immunogénicité et le ciblage
L’immunogénicité des protéines constitutives de la particule limite le déploiement des VLPr pour des applications thérapeutiques chez l’homme. Ainsi, plusieurs approches récentes, visent à limiter la quantité de protéines virales nécessaire à l’assemblage de VLPr efficaces, en exploitant des formes tronquées de la protéine GAG [
51
], en les substituant par des protéines de structure issues de virus endogènes humains [
38
], ou par des domaines protéiques affins pour la membrane [
22
,
23
]. Cette démarche de « déviralisation » est également à l’œuvre au niveau des protéines de surface de la particule, où plusieurs études s’orientent aujourd’hui vers l’usage d’enveloppes de virus endogènes comme les syncytines [
25
,
38
,
52
]
(→)
ou de protéines fusogènes naturelles du muscle [
53
]. Un autre axe d’amélioration consiste à doter les particules d’anticorps ciblant des molécules de surface de façon à leur conférer des propriétés d’entrée restreintes [
54
,
55
].
(→) Voir m/s n° 10, 2011, page 163 Les obstacles à franchir
Au-delà des réactions cellulaires et immunitaires inhérentes à l’usage de vecteurs viraux, la technologie des VLPr connaît quelques écueils intrinsèques : la production de lots standardisés à hauts titres, compatibles avec les applications
in vivo
reste un défi majeur, ce qui est moins vrai pour les vecteurs AAV, ou pour les LNP synthétisés sans matériel cellulaire. Ceci restreint souvent l’usage de VLPr à des modèles animaux de petite taille, ou à des études
ex-vivo
.
Les VLPr peinent également à franchir certaines barrières naturelles, ou à être administrés avec précision dans des organes sans être dégradés par le foie. Ces obstacles sont autant de défis à relever pour les technologies de demain, qui devront travailler à l’optimisation de la bioproduction, une meilleure invisibilité immunitaire des particules et une amélioration de leur biodisponibilité in vivo , surtout pour des applications chez l’homme. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
L’ingénierie du génome fondée sur l’utilisation de VLPr a suivi les évolutions récentes des techniques basées sur les techniques CRISPR et ses dérivés. Il en résulte une grande diversité de systèmes, chacun faisant l’objet de versions progressivement optimisées. Les études récentes parient sur plusieurs modèles de fusion, plusieurs enveloppes, et les comparent exhaustivement. La vectorologie rétrovirale appliquée à la modification du génome semble ainsi devenir un champ d’étude qui a gagné en profondeur, et en exigence. En 2024, un système remarquable d’évolution dirigée a été mis au point dans l’équipe de David Liu pour identifier, parmi une banque de 3800 versions de la protéine GAG, des variants plus performants pour la production de VLP- base editing [ 56 ]. Si l’on considère cette accélération technologique, l’essor des intelligences artificielles dans le domaine de la protéomique, et les moyens déployés par des sociétés innovantes comme Nvelop Therapeutics , on peut s’attendre à l’émergence, dans un futur proche, de particules hyper-optimisées, aux impacts immunitaires restreints. Ces dernières pourraient n’avoir de viral que leur source d’inspiration initiale. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1
Les méganucléases sont des endodésoxyribonucléases qui se caractérisent par un site de reconnaissance de grande taille (12 à 40 paires de bases). Les méganucléases sont considérées comme les enzymes de restriction les plus spécifiques (ndlr).
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Les auteurs déclarent n’avoir aucun lien d’intérêt concernant les données publiées dans cet article. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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