La séroprévalence vis-à-vis de la bactérie évaluée en 2012-2013, était plus élevée chez les bouquetins de plus de cinq ans que chez les bouquetins plus jeunes ( Figure 3A ) [ 8 ]. L’hypothèse d’une voie de contamination majoritairement vénérienne a donc été émise, les bouquetins plus âgés étant ceux qui participent majoritairement à la reproduction. Un abattage massif a donc ciblé ces animaux. Pourtant, parmi les animaux capturés au printemps 2014, la séroprévalence apparente chez les jeunes bouquetins a augmenté significativement ( Figure 3B ) [ 12 , 13 ]. Cette augmentation apparente a tout d’abord été interprétée comme une contamination par voie vénérienne des jeunes bouquetins restés vivants et entrés précocement en reproduction en 2014, du fait de l’élimination préférentielle des animaux plus âgés en 2013 [ 12 , 13 ]. En fait, cette augmentation apparente était artificielle, due à un biais d’échantillonnage lié à la structuration spatiale de la population, mise en évidence par la suite [ 14 , 15 ].

Lors de la découverte de l’infection des bouquetins, leur répartition dans le massif du Bargy était inconnue. Un suivi des animaux (marqués par colliers GPS) initié dès 2013 a permis de démontrer en 2015 l’existence d’une structuration socio-spatiale des femelles : elles vivent en effet en sous-populations quasi-indépendantes, dans cinq secteurs différents [ 14 , 15 ] ( Figure 1 ). Les mâles, quant à eux, ne sont pas organisés spatialement comme les femelles. Ils ont tendance à se déplacer dans l’ensemble du massif (et occasionnellement dans le massif voisin des Aravis pour quelques-uns d’entre eux), notamment au moment du rut. Cette structuration socio-spatiale des femelles a été reliée à des niveaux de séroprévalence contrastés entre les secteurs, que ce soit chez les mâles ou chez les femelles ( Figure 4 ) [ 14 , 15 ]. Entre 2012 et 2015, les secteurs dits de « Jallouvre-Peyre » et du « Grand Bargy », au centre du massif, montraient les séroprévalences les plus élevées, suivis de près par le secteur du « Petit Bargy » [ 14 , 15 ]. Ces trois secteurs ont, par la suite, été regroupés dans ce qui a été appelé « la zone cœur ». Les secteurs de « Charmieux-Buclon » et de « Leschaux-Andey », à l’ouest du massif (appelé « zone périphérique »), avaient, en revanche, une séroprévalence plus faible [ 14 , 15 ]. Cette découverte de la structuration spatiale de la séroprévalence a conduit à envisager un rôle épidémiologique majeur des femelles, et un rôle mineur de la voie vénérienne [ 14 , 15 ], contrairement à l’hypothèse initiale. En effet, si la voie vénérienne jouait un rôle majeur, les déplacements des mâles dans l’ensemble du massif auraient conduit à une séroprévalence homogène entre les sous-populations.

Au début du suivi sanitaire de la population de bouquetins (entre 2012 et 2014), environ un tiers des animaux séropositifs abattus et autopsiés étaient porteurs de lésions, majoritairement des orchites et des arthrites ( Figure 2D ) [ 16 , 17 ]. Les analyses bactériologiques réalisées sur leurs organes ont montré que les individus ne présentant pas de lésions pouvaient néanmoins être porteurs de la bactérie, et donc être potentiellement contaminants [ 16 , 17 ]. B. melitensis a été isolée dans des écouvillons génitaux, les testicules, les mamelles, ainsi que les nœuds lymphatiques associés [ 16 – 19 ]. La bactérie a également été détectée dans le placenta et le fœtus d’une femelle infectée [ 18 , 19 ]. Ces résultats laissaient suspecter l’existence de voies de transmission similaires à celles des ruminants domestiques : la voie horizontale, par les produits d’avortements et de mises-bas ; la voie vénérienne ; et la voie verticale, de la mère à son cabri [ 16 – 19 ]. Entre 2012 et 2017, 58 % des animaux séropositifs étaient porteurs de la bactérie [ 18 , 19 ]. La probabilité que l’analyse bactériologique donne un résultat positif (la mise en évidence de la présence de la bactérie) diminuait avec l’âge de l’animal, indiquant que les jeunes bouquetins séropositifs étaient plus à risque d’héberger et d’excréter la bactérie, avec la première gestation chez les femelles, et la maturité sexuelle chez les mâles [ 18 , 19 ].

La population du Bargy est la seule population connue de bouquetins des Alpes dans laquelle B. melitensis s’est maintenue à des niveaux élevés pendant plusieurs années, alors que, dans les rares autres populations où des cas avaient été détectés, l’infection s’est éteinte naturellement [10, 20-22]. La population du Bargy a donc été supposée particulièrement réceptive à la brucellose, possiblement en lien avec la circulation antérieure d’un agent infectieux qui aurait favorisé la transmission de la brucellose (en affectant la reproduction ou l’immunité). Les caractéristiques génétiques de la population de bouquetins ont également été questionnées. Celle-ci est en effet issue de la réintroduction dans les alpages du massif du Bargy de 14 individus, eux-mêmes issus d’une population très peu diversifiée génétiquement [ 23 ].

Plusieurs agents infectieux, classiquement présents chez les ruminants, ont été détectés dans cette population. Le seul lien qui a pu être mis en évidence entre ces agents infectieux et la brucellose a été que les mâles séropositifs vis-à-vis de B. melitensis étaient plus à risque d’être séropositifs vis-à-vis de Mycoplasma agalactiae , l’agent étiologique de l’agalactie contagieuse des petits ruminants [ 24 ], ce qui pouvait expliquer la réponse immunitaire des mâles différente de celle des femelles [ 25 ].

La diversité génétique des bouquetins du Bargy a été confirmée comme étant très faible, mais elle est équivalente à celle observée dans les autres populations de bouquetins des Alpes (eu égard à l’histoire récente de cette espèce, passée près de l’extinction et donc peu diversifiée génétiquement, avant d’être réintroduite dans tout l’arc alpin) [ 26 ]. Une association a été démontrée entre le statut sérologique des individus et le gène SLC11A1 ( solute carrier family 11 member A1 ) qui code NRAMP ( natural resistance-associated macrophage protein ), une protéine d’activation des macrophages [ 26 ]. Chez les bouquetins du Bargy, deux allèles de ce gène sont présents : A324 et A330. L’allèle rare A330, présent à une fréquence plus faible dans la population du Bargy que dans les autres populations alpines étudiées, est associé à une plus faible séroprévalence, notamment chez les individus homozygotes [ 26 ]. Toutefois, l’influence de ce gène sur la circulation de l’infection et le rôle potentiel de la protéine NRAMP dans la résistance des bouquetins des Alpes à l’infection par B. melitensis restent à démontrer, comme cela a été mis en évidence chez le buffle domestique ( Bubalus bubalis ) [ 27 ].

Au final, ni la présence de co-infections, ni la comparaison des caractéristiques génétiques de cette population par rapport à d’autres, n’ont permis d’expliquer pourquoi elle a été la seule, à ce jour, à permettre le développement et la persistance de B. melitensis .

Un modèle épidémiologique, établi grâce aux données collectées entre 2012 et 2018, a permis d’estimer les probabilités de transmission associées aux différentes voies de transmission, aux différentes classes d’animaux (classes d’âge, de sexe) et selon les secteurs dans lesquels vivent les animaux [ 19 , 28 ].

Les évènements de transmission liés à la voie horizontale (par les avortements et les mises-bas) ont été évalués à environ 60 % des cas, la voie verticale à environ 20 % des cas, et la voie vénérienne aux 20 % restants [ 19 , 28 ]. Les évènements de transmission s’avèrent liés à des femelles infectieuses dans 88 % des cas en moyenne, confirmant leur rôle épidémiologique prépondérant [ 19 , 28 ]. Les évènements de transmission liés à des jeunes femelles (entre 2 et 5 ans) représentent environ 33 % des cas en moyenne (principalement par avortements lors de la première gestation post-infection), contre 55 % pour les femelles de plus de cinq ans (principalement par les produits de mise-bas lors des gestations suivantes) [ 19 , 28 ]. Chez les mâles (12 % des cas), les plus âgés (plus de cinq ans) ont plus de risque de transmettre l’infection, étant donné leur accès privilégié à la reproduction (mâles dominants), tandis que les plus jeunes jouent un rôle négligeable (environ 0,01 %) [ 19 , 28 ]. Enfin, la majorité (environ 87 %) des évènements de transmission ont lieu dans la zone cœur [ 19 , 28 ]. La transmission entre animaux vivant dans des secteurs différents est rendue possible par le déplacement des mâles (sensibles ou infectieux) d’un secteur à l’autre, en particulier par voie vénérienne au moment du rut [ 19 , 28 ].

Les travaux d’expertise collective, coordonnés par l’Anses, ont impliqué de nombreux groupes d’experts afin d’apporter des éléments scientifiques aux autorités en charge de la gestion sanitaire [10, 11, 29-35]. Dès juillet 2013, l’avis de l’Anses a été sollicité, notamment sur les mesures de gestion à mettre en place dans la population de bouquetins pour lutter contre la brucellose [ 29 ]. Par transposition des mesures appliquées chez les ruminants domestiques, la première option envisagée par les autorités a été un abattage total de la population de bouquetins. Les experts réunis par l’Anses, chargés d’évaluer cette mesure et d’identifier de potentielles alternatives, ont estimé qu’un abattage massif des bouquetins réduirait effectivement de façon significative et rapide le risque de transmission de la brucellose des bouquetins aux cheptels domestiques [ 29 ]. Ils ont cependant remis en question la faisabilité d’un tel abattage dans la faune sauvage. Ils ont aussi souligné que cette méthode ne permettrait pas la réalisation simultanée d’un suivi sanitaire des animaux abattus, ce qui constituait une limite majeure, sans compter les conséquences sur la conservation de cette population, ni les risques de perturbation de la population et de la transmission de la brucellose [ 29 ]. Les experts se sont également interrogés sur la réalité de l’urgence d’une telle mesure, face à un risque de transmission aux animaux domestiques toutefois minime (un seul cas de transmission aux ruminants domestiques, alors que la brucellose circule chez les bouquetins probablement depuis au moins 1999) et au manque de connaissances sur la dynamique épidémiologique en 2013 [ 29 ]. Parmi les alternatives, les experts ont notamment identifié deux options d’abattage sélectif, sur la base de l’âge des animaux ou de leur statut sérologique [ 29 ]. La première consistait en un abattage massif sans test sérologique mais ciblé sur les individus âgés de plus de cinq ans [ 29 ] ; la seconde était l’abattage des individus séropositifs lors de captures [ 29 ]. Cette dernière méthode devait permettre de réaliser un suivi sanitaire, mais elle ne permettait qu’une réduction progressive du risque de transmission, en raison de la difficulté que pose la capture de ces animaux qui vivent en montagne, dans des milieux escarpés.

Suite à cet avis, et au vu des résultats de la campagne de captures de 2012-2013 ( Figure 3A ), les autorités ont décidé un abattage massif ciblé sur les animaux de plus de cinq ans. Deux-cent cinquante et un bouquetins ont donc été tués, entre l’automne 2013 et le printemps 2014 ( Tableau I ) [ 12 , 13 ]. À l’issue de cette action, au printemps 2014, la séroprévalence apparente parmi les bouquetins capturés n’était pas statistiquement significativement différente de celle évaluée auparavant, en 2012-2013 [ 12 , 13 ], et aucune différence significative de la séroprévalence corrigée pour la structure d’échantillonnage entre 2012-2013, 2014 et 2015 n’a été observée [ 14 , 36 ]. Il n’y a donc pas eu d’effet mesurable immédiat de cet abattage massif sur la séroprévalence. Il n’y a pas non plus eu d’effet sur la structuration spatiale ou sur l’organisation sociale des bouquetins [ 14 ]. Cependant, en réduisant fortement la densité de la population, il est probable qu’il a contribué à diminuer le risque de transmission. Les conséquences à plus long terme sur la dynamique de la population, sur sa structure socio-spatiale, et sur la transmission de la brucellose, restent cependant à déterminer.

Le bouquetin des Alpes étant une espèce protégée en France, avec une valeur patrimoniale forte liée à son histoire, l’abattage massif a fait l’objet de nombreuses controverses, notamment en raison de l’absence d’efficacité apparente observée en 2014. Des associations de protection de la nature ont saisi l’Anses fin 2014, en demandant notamment de réévaluer les mesures de gestion à mettre en place [ 10 ].

Au cours de cette nouvelle expertise, une évaluation à la fois qualitative et quantitative des scénarios de gestion a été réalisée. Pour l’évaluation quantitative, un premier modèle épidémiologique individu-centré a été développé afin d’estimer une probabilité d’extinction de la brucellose sur cinq ans [ 10 ]. D’après ce modèle, l’absence de mesure de gestion ne permet pas l’extinction de la brucellose (probabilité inférieure à 2,5 %) et l’efficacité d’un abattage massif (avec un maximum de 90 % de la population) a été jugée comme incertaine, en particulier au vu des résultats obtenus après l’abattage massif de 2013 et des résultats du modèle. En revanche, une stratégie combinant un nombre de captures important (environ 100 animaux), avec euthanasie des animaux séropositifs et le marquage des animaux séronégatifs, avec un abattage à 90 % des bouquetins non marqués l’année suivante, a été jugée, de manière qualitative, comme ayant de meilleures chances de réussite, même si d’après l’évaluation quantitative, la probabilité d’obtenir l’extinction de la brucellose avec ce scénario était inférieure à 2,5 % [ 10 ]. Les meilleurs scénarios hypothétiques étaient ceux dans lesquels l’abattage sélectif des séropositifs était combiné avec une vaccination des séronégatifs, avec 150 à 200 animaux capturés chaque année pendant cinq ans. L’utilisation de la vaccination était néanmoins soumise à conditions (voir plus loin).

En 2015, 125 animaux ont été capturés, dont 38 étaient séropositifs et ont été euthanasiés, et 70 bouquetins non marqués ont été abattus sans test préalable ( Tableau I ). Une diminution significative de la séroprévalence corrigée a alors été observée entre 2015 et 2016 [ 36 ]. Les effets des différentes mesures, mises en place entre 2012 et 2015, y compris l’abattage massif de 2013, ont probablement contribué à cette diminution, sans qu’il soit possible de déterminer leurs effets respectifs [ 36 ].

Dès 2016, suite aux résultats obtenus concernant la structuration spatiale de la population et de la séroprévalence suggérant un rôle épidémiologique majeur des femelles [ 14 , 15 ], les mesures ont été orientées principalement vers des captures et l’euthanasie des animaux séropositifs, ciblées surtout sur les femelles de la zone cœur. Entre 2016 et 2022, la séroprévalence corrigée a diminué, avant de se stabiliser à un niveau faible, aux alentours de 5 % [33, 37, 38]. Depuis 2019, la séroprévalence n’est plus différente statistiquement entre la zone périphérique et la zone cœur [ 33 , 37 ].

Un nouveau modèle épidémiologique, développé à partir des travaux initiés par l’Anses en 2015, et fondé sur les données recueillies entre 2012 et 2018, a permis de quantifier l’hétérogénéité de la transmission entre classes d’âge, de sexe et entre secteurs. Ce modèle a également permis de confirmer que les scénarios de gestion ciblés sur les femelles (qui transmettent l’infection dans la majorité des cas) et sur la zone cœur (où ont lieu la majorité des évènements de transmission) étaient effectivement plus efficaces que les scénarios de gestion non ciblés [ 19 , 39 ]. Ce modèle a aussi permis de montrer l’intérêt de réaliser un nombre limité (quelques dizaines) de tirs sans test préalable, en plus de l’euthanasie des animaux séropositifs lors des captures, en particulier lorsque ces tirs sont ciblés sur les femelles non marquées de la zone cœur [ 39 , 40 ]. En plus de permettre d’abaisser encore la séroprévalence, ces tirs permettent également d’améliorer le suivi sanitaire des animaux dans les zones où il est difficile, voire impossible, de les capturer.

À l’automne 2021, suite à la découverte d’un nouveau foyer dans un élevage bovin [ 30 ], l’Anses a de nouveau été sollicitée pour évaluer l’efficacité de différents scénarios de gestion. Parmi ces scénarios, l’euthanasie des séropositifs, lors des captures, combinée au tir de 20 femelles ou de 50 individus (mâles et femelles) par an, ont été évalués, par modélisation, comme étant les scénarios les plus favorables [ 31 ]. Les scénarios d’abattage massif seul ou après un effort de capture important ont montré une efficacité similaire ou légèrement supérieure, mais associés à des inconvénients majeurs (absence de suivi concomitant, incertitude vis-à-vis de la perturbation de la population et de la transmission de la brucellose, impacts sur la conservation de la population) [ 31 ], comme souligné à maintes reprises dans les avis de l’Anses [10, 29, 32]. En 2022, 135 bouquetins ont été capturés (6 étaient séropositifs et ont été euthanasiés) et 61 animaux ont été abattus en zone cœur, sans test préalable ( Tableau I ) [ 33 ]. Lors des captures de 2023 qui ont suivi ces opérations, 69 bouquetins ont été capturés, dont quatre séropositifs qui ont été euthanasiés ( Tableau I ). Bien que la séroprévalence corrigée pour 2023 reste à estimer, la séroprévalence apparente reste du même ordre de grandeur (aux alentours de 5 %) que les années précédentes et n’est pas significativement différente de celle de 2022.

Dès 2013, l’utilisation de la vaccination comme mesure de lutte contre la brucellose a été évoquée [ 29 ]. L’évaluation qualitative et quantitative de l’Anses, en 2015, a montré que les scénarios incluant la vaccination, en complément des mesures d’abattage sélectif, étaient ceux qui avaient les meilleures chances de parvenir à l’extinction de la brucellose dans le massif [ 10 ]. Cependant, les experts ont précisé qu’une évaluation de l’innocuité de la vaccination était nécessaire avant sa mise en place sur le terrain [ 10 ]. Chez les ruminants domestiques, la souche vaccinale (vaccin vivant atténué) peut en effet être excrétée et transmise aux animaux non vaccinés [ 41 ]. En plus de l’innocuité du vaccin, il était donc également nécessaire d’évaluer les possibilités d’excrétion et de diffusion de la souche vaccinale [ 34 ].

Afin d’évaluer ces deux aspects, une étude expérimentale a été réalisée sur des bouquetins en captivité en 2017 [ 42 , 43 ]. Neuf de ces bouquetins qui ont été vaccinés ont développé une réaction sérologique forte mais aussi une dissémination de la souche vaccinale dans la sphère uro-génitale plus importante et plus longue, comparé à ce qui a été observé chez la chèvre domestique (cousine du bouquetin, à laquelle le vaccin testé était normalement destiné) [ 42 , 43 ]. Aucun bouquetin n’a développé de lésions de brucellose [ 42 , 43 ]. En revanche, des animaux non vaccinés mais en contact avec les animaux vaccinés ont également développé une infection par la souche vaccinale ou une réaction sérologique [ 42 , 43 ]. Certains bouquetins vaccinés ont donc excrété la souche vaccinale et l’ont transmise à des bouquetins non vaccinés en contact [ 42 , 43 ].

Saisie début 2018 sur la pertinence d’une vaccination, l’Anses a conclu, compte tenu de ces résultats, que l’utilisation de la vaccination n’était pas recommandée [ 35 ]. En effet, dans le cas d’une utilisation de la vaccination dans la population du Bargy, une telle diffusion entre animaux vaccinés et non vaccinés aurait un impact négatif important sur la surveillance et la gestion sanitaire, fondées sur les tests sérologiques [ 35 ]. L’utilisation de la vaccination n’a par ailleurs pas montré d’avantages majeurs par rapport aux autres mesures de gestion, d’après les derniers travaux de modélisation, pour des tailles de captures annuelles de 50 animaux [ 19 , 39 ]. La vaccination ne présente donc pas un rapport coûts-bénéfices favorable à son utilisation dans la population du Bargy.