Observations et résultats : un bilan Les consultations sur site étaient facultatives mais ont été accueillies
favorablement par la majorité des parents. Moins de 1 % des couples ont décliné
l’offre, arguant du fait « qu’aucun bénéfice immédiat ne s’en suivrait
». Au total, 502 enfants, admis dans 26 hôpitaux de jour et
institutions spécialisées de la région parisienne, ont ainsi été inclus dans le
programme. La possibilité d’initier ou d’actualiser les explorations génétiques
répondait largement à leurs attentes, beaucoup des questions concernant la
possible origine organique des troubles étant demeurées sans réponse. Seule une petite fraction des patients avait été vue en consultation par un
neuropédiatre ou un généticien clinicien avant la visite sur site et, du fait des
avancées récentes, moins de 5 % des dossiers médicaux étaient à jour. Dans 95 %
des cas, les examens de laboratoire étaient absents, incomplets ou obsolètes, sans
consultations hospitalières de suivi, et dans 30 % des cas, les dossiers médicaux
étaient totalement vides. Un grand nombre de parents ont déclaré que leur enfant
n’avait jamais été examiné déshabillé… Le simple établissement d’un arbre généalogique a parfois suffi à reconnaître
des formes récessives ou liées au sexe de TSA. Des informations, jamais divulguées
auparavant et présentant pourtant un intérêt médical réel, ont également été
révélées pour la première fois à l’occasion des consultations (antécédents
familiaux, événements médicaux graves durant la grossesse, fécondation
in vitro). Il est cependant difficile de dire si ces questions
n’avaient effectivement jamais été posées, ou si les réponses des parents
avaient été filtrées selon des attentes supposées du pédopsychiatre. En raison
du manque de spécificité clinique des TSA d’origine organique, la consultation de
génétique s’est rarement terminée par une conviction clinique. Pour cette raison,
les examens de laboratoire ultérieurs ont été systématiques. Pour près de 60 % des patients, le résultat de la recherche du syndrome de l’X
fragile n’était pas disponible (312/502). Il s’est révélé posijpg dans 1,3 % des cas
(4/312). L’ACPA (CGH array) a permis de détecter des variations du
nombre de copies (CNV) pathogènes dans 8,8 % (34/388 ; de novo :
19, héritées : 4) (Tableau
I). La plupart des patients diagnostiqués à ce stade
présentaient un TSA atypique et/ou syndromique avec déficience intellectuelle
modérée à sévère. Le bilan métabolique systématique n’a guère été
contribujpg du fait que le dépistage néonatal de la phénylcétonurie et de
l’hypothyroïdie est généralisé à titre systématique par le test de
Guthrie1 à la naissance en France.
Tableau I
Patient |
Région |
Coordonnées (GRCh37/hg19) |
Del/Dup |
Phénotype (MIM number) |
Taille |
Transmission |
Sexe |
1 |
1p21.3 |
(98134258x2,98186019_99530585x1,99612872x2) |
Délétion |
- |
1.4 Mb |
NA |
M |
|
2 |
1p36.33p36.32 |
(0852803_2723463)x1 dn |
Délétion |
Chromosome 1p36 syndrome de délétion (#
607872) |
1.9 Mb |
de novo
|
F |
|
3 |
2p16.3 |
(50597116_50837494)x1 |
Délétion |
Chromosome 2p16.3 syndrome de délétion
(NRXN1) (# 614332) |
240 kb |
NA |
M |
|
4 |
2p16.3 |
(508925906x2,50937444_51446873x1,51510902x2)pat |
Délétion |
Chromosome 2p16.3 syndrome de délétion
(NRXN1) (# 614332) |
250 kb |
hérité de la mère |
M |
|
5 |
4q31.1 |
(139993209x2,140046328_140323064x1,14037951x2)dn |
Délétion |
- |
276 kb |
de novo
|
F |
|
6 |
5q13.3q14.1 |
(76116577_78831700)x1 dn |
Délétion |
- |
2.7 Mb |
de novo
|
M |
|
7 |
6q22.1q22.31 |
(117955439x2,117998538_123380719x1,123539625x2)dn |
Délétion |
- |
5.4 Mb |
de novo
|
F |
|
8 |
7q31.1 |
(113824704_114008914)x1 |
Délétion |
Speech-language disorder-1
(FOXP2) (# 602081) |
184 kb |
NA |
M |
|
9 |
8q12.3 |
(63847208_65755563)x1 dn |
Délétion |
- |
1.9 Mb |
de novo
|
M |
|
10 |
10q11.22q11.23 |
(48533668x2,49390457_52415071x1,52566354x2)dn |
Délétion |
- |
3 Mb |
de novo
|
M |
|
11 |
16p11.2 |
(28543104_29133735)x1 pat |
Délétion |
Chromosome 16p11.2 syndrome de délétion
(SH2B1 gène) (# 613444) |
592 kb |
hérité du père |
M |
|
12 |
16p13.3 |
(3776852x2,3831263_3831322x1,3855608x2) |
Délétion intragénique dans CREBBP
|
Rubinstein-Taybi deletion syndrome (#
610543) |
- |
NA |
F |
|
13 |
17q21.31 |
(43717703_44210822)x1 |
Délétion |
Koolen-De Vries syndrome (# 610443) |
500 kb |
de novo
|
F |
|
14 |
18q21.33q23 |
(60610554_77945325)x1 |
Délétion |
Chromosome 18q syndrome de délétion (# 601808) |
17.3 Mb |
NA |
M |
|
15 |
19q12q13.3 |
Caryotype et FISH (sonde YAC 954B2 [Human
Polymorphism study Center], localisation 19q12 ;
locus AFM150xa9) |
Délétion |
- |
- |
de novo
|
M |
|
16 |
20q11.23q12 |
(37467951_39961785)x1 |
Délétion |
- |
2.5 Mb |
NA |
F |
|
17 |
22q11.2 |
Caryotype et FISH (sonde RP11-316L10 et
RP11-1107K6, localisation 22q11.2, locus
TBX1) |
Délétion |
Velocardiofacial syndrome (# 192430) |
- |
NA |
M |
|
18 |
22q13.3 |
Caryotype et FISH (sonde cosmide c106G1220P,
localisation 22q13.3, locus SHANK3) |
Délétion |
Phelan-McDermid syndrome (# 606232) |
- |
de novo
|
F |
|
19 |
22q13.33 |
(51121514x2,51122452_51178264x1,51181762x2)dn |
Délétion |
Phelan-McDermid syndrome (# 606232) |
55.8-60.2 kb |
de novo
|
M |
|
20 |
Xp11.4 |
(41510822_41912496)x1 dn |
Délétion |
Mental retardation et microcephaly with pontine et
cerebellar hypoplasia (CASK gene)
(# 300749) |
405 kb |
de novo
|
F |
|
21 |
1q21.1q21.2 |
(145747269x2,146324068_149079826x3,149154996x2)dn |
Duplication |
Chromosome 1q21.1 syndrome de duplication (#
612475) |
2.7 Mb |
de novo
|
M |
|
22 |
1q31 |
Caryotype et FISH (sonde RP11-440G22 et RP11-142L4,
localisation 1q31.2) |
Duplication |
- |
- |
NA |
F |
|
23 |
1q32.2 |
(207780569_208295581)x3 |
Duplication |
- |
515 kb |
NA |
M |
|
24 |
4p15.3p16.3 |
chromosome 4 recombinant inversion
péricentrique |
Duplication |
- |
14 Mb |
de novo
|
M |
|
4q34.1q35.2 |
Délétion |
15 Mb |
de novo
|
|
25 |
5p15.33p14.3 |
(658561_19955760x3, 20049711x2)dn |
Duplication |
- |
19.3 Mb |
de novo
|
F |
|
26 |
8p12p11.21 |
(31396993x2,31488003_43056153x3,43110494x2)dn |
Duplication |
- |
11.6 Mb |
de novo
|
M |
|
27 |
8q24.13q23 |
Caryotype et FISH (sonde RP11-762A3, localisation
8q23.3, locus TRPS1 et sonde RP11-89P19, localisation 8q24.1,
locus EXT1) |
Duplication |
- |
- |
de novo
|
M |
|
28 |
14q31.3qter |
(88212824_107258824)x3[0.2]dn |
Duplication |
Mosaïque chromosome 14q duplication |
19 Mb |
de novo
|
M |
|
29 |
15q11q13 |
Caryotype et FISH (sonde cos368 H, localisation
15q11.2) |
Duplication |
Chromosome 15q11q13 duplication syndrome (# 608636) |
- |
de novo
|
M |
|
30 |
16p13.12p12.3 |
(14780195x2,15048751_16276115x3,16899616x2)mat |
Duplication |
- |
1.2 Mb |
Hérité de la mère |
M |
|
31 |
18p11.32p11.31 |
(198111_3512486)x3 |
Duplication |
- |
3.3 Mb |
de novo
|
M |
|
32 |
22q11.23 |
(23668074x2,23739437_24988455x3,25119044x2)mat |
Duplication |
- |
1.2 Mb |
Hérité de la mère |
M |
|
33 |
22q13.33 |
(51112766_51137924)X3 |
Duplication partielle de SHANK3
|
- |
Exons 1 to 12 |
NA (père décédé) |
F |
|
34 |
Xp11 |
Caryotype 45,X[16]/46,X,idic(X)(p11)[9] |
Mosaïcisme du chromosome X isodicentrique |
- |
- |
NA |
F |
Anomalies cytogénétiques observées chez des patients présentant un TSA
dans les hôpitaux de jour de la région ÎIe-de-France. M : homme, F :
femme, NA : non disponible, FISH : Hybridation in situ fluorescent,
Del/dup : délétion/duplication. |
Pour permettre une interprétation génotypique correcte, seuls les patients ayant
subi une IRM cérébrale et une tomodensitométrie ont été inclus dans le
dépistage ultérieur par séquençage. L’IRM cérébrale a détecté des anomalies
manifestes, mais non spécifiques, isolées ou combinées dans 42 % des cas [10] : il s’agissait
d’hyper-intensités ponctuées de la substance blanche, d’anomalies de la
différenciation substance grise/blanche des cornes temporales et de dilatations des
espaces de Wirchow-Robin (Tableau
II).
Tableau II
Hyperintensite sous-corticale des poles temporaux
bilateraux sur les images ponderees en T2 |
25 % |
|
Hyperintensite de la substance blanche sur le T2
(hemispheres, periventriculaire, insula, pallidum,
cervelet) |
18 % |
|
Anomalie cerebelleuse (atrophie, hypoplasie,
anomalie de signal) |
17 % |
|
Corps calleux court, anormal ou epais |
13 % |
|
Dilatation des espaces de Wirchow-Robin |
8 % |
|
Anomalie de gyration (heterorotopie,
polymicrogyrie, pachygyrie) |
8 % |
|
Kystes, tumeurs (teratomes, gangliomes,
germinomes) |
10 % |
|
Anomalies hypophysaires |
5 % |
Anomalies IRM observées chez 146 patients présentant un TSA dans les
hôpitaux de jour de la région ÎIe-de-France. |
Du fait des restrictions budgétaires, 141 patients seulement ont pu bénéficier d’un
séquençage par exome ou sur panel. Une mutation monogénique causale a été
reconnue responsable du TSA dans 23,4 % des cas (33/141). La plupart des mutations
sont survenues de novo (70 %), l’hérédité liée au chromosome X
rendant compte de 15 % des cas et l’hétérozygotie composite de 15 % des cas. Au
total, 27 gènes de maladies différentes, responsables de TSA syndromique avec
déficience intellectuelle, ont été idenjpgiés dans cette étude (Tableau III).
Tableau III
Patient |
Méthode |
Gène |
Séquence de référence |
ADNc et protéine |
Zygosité |
Transmission |
Sexe |
classification ACMG |
Preuve |
Phénotype (MIM number) |
35 |
ASD/ID panel |
ADNP |
NM_015339 |
c.2499del, p.Val834Serfs*80 |
hétérozygote |
de novo |
M |
Pathogenic (Ia) |
PVS1, PS2, PM2 |
Helsmoortel-van der Aa syndrome (615873) |
|
36 |
ASD/ID panel |
ADNP |
NM_015339 |
c.517C>T, p.Arg173* |
hétérozygote |
de novo |
M |
Pathogenic (Ia) |
PVS1, PS2, PM2 |
Helsmoortel-van der Aa syndrome (615873) |
|
37 |
ASD/ID panel |
ANKRD11 |
NM_013275 |
c.3542_3543ins23, p.Arg1182Alafs*144 |
hétérozygote |
de novo |
M |
Pathogenic (Ia) |
PVS1, PS2, PM2 |
KBG syndrome (148050) |
|
38 |
ASD/ID panel |
ARID1B |
NM_020732.3 |
c.4110G>A, p.His1339Ilefs*77 (b) |
hétérozygote |
de novo |
M |
Pathogenic (Ia) |
PVS1, PS2, PS1, PM2 |
Coffin-Siris syndrome 1 (135900) |
|
39 |
WES |
ATRX |
NM_000489.3 |
c.6740A>C, p.His2247Pro |
hémizygote |
RLX |
M |
Likely pathogenic (II) |
PS1, PM2, PP2,PP3, PP4 |
Mental retardation-hypoto- nic facies syndrome,
X-linked (309580) |
|
40 |
WES |
CACNA1E |
NM_000721.3 |
c.4688A>G, p.Lys1563Arg |
hétérozygote |
de novo |
M |
Likely pathogenic (II) |
PS2, PM2, PP2, PP3 |
Epileptic encephalopathy, early infantile, 69
(618285) |
|
41 |
WES |
CHD2 |
NM_001271.3 |
c.2352+1G>A, p.Lys730Asnfs*4 Skip of exon
18 |
hétérozygote |
de novo |
M |
Pathogenic (Ia) |
PVS1, PS2, PM2 |
Epileptic encephalopathy, child- hood-onset
(615369) |
|
42 |
WES |
COG4 |
NM_015386.2 |
c.15G>A, p.Met5Ile |
homozygote |
RA |
M |
Likely pathogenic (V) |
PM2, PM3, PP2, PP3, PP4 |
Congenital disorder of glycosyla- tion, type IIj
(613489) |
|
43 |
WES |
FOXP1 |
NM_032682.5 |
c.1541G>A, p.Arg514His |
hétérozygote |
de novo |
F |
Likely pathogenic (II) |
PS2, PM2, PP2, PP3 |
Mental retardation with language impairment and
with or without autistic features (613670) |
|
44 |
ASD/ID panel |
FOXP1 |
NM_032682.5 |
c.1541G>A, p.Arg514His |
hétérozygote |
de novo |
F |
Likely pathogenic (II) |
PS2, PM2, PP2, PP3 |
Mental retardation with language impairment and
with or without autistic features (613670) |
|
45 |
WES |
GNAO1 |
NM_020988.2 |
c.736G>A, p.Glu246Lys |
hétérozygote |
de novo |
F |
Pathogenic (II) |
PS2, PS1, PM2, PP2, PP3, PP4 |
Epileptic encephalopathy, early infantile 17
(615473) |
|
46 c |
ASD/ID panel |
GRIA3 |
NM_000828 |
c.504del, p.Glu168Aspfs*21 |
hémizygote |
RLX |
M |
Pathogenic (Ib) |
PVS1, PM2, PP1-M |
Mental retardation, X-linked 94 (300699) |
|
47 c |
ASD/ID panel |
GRIA3 |
NM_000828 |
c.504del, p.Glu168Aspfs*21 |
hémizygote |
RLX |
M |
Pathogenic (Ib) |
PVS1, PM2, PP1-M |
Mental retardation, X-linked 94 (300699) |
|
48 |
ASD/ID panel |
GRIA3 |
NM_000828 |
c.1990C>G, p.Pro664Ala |
hémizygote |
RLX |
M |
Likely pathogenic (II) |
PS1, PM2, PP2, PP3, PP4 |
Mental retardation, X-linked 94 (300699) |
|
49 |
ASD/ID panel |
GRIN2B |
NM_000834.4 |
c.2087G>A, p.Arg696His |
hétérozygote |
de novo |
F |
Pathogenic (II) |
PS2, PS1, PM2, PP2, PP3, PP4 |
Mental retardation, autosomal dominant 6
(613970) |
|
50 |
ASD/ID panel |
GRIN2B |
NM_000834.4 |
c.2084T>C, p.Ile695Thr |
hétérozygote |
de novo |
M |
Pathogenic (II) |
PS2, PS1, PM2, PP2, PP3, PP4 |
Mental retardation, autosomal dominant 6
(613970) |
|
51 |
ASD/ID panel |
HUWE1 |
NM_031407.6 |
c.1736A>C, p.Asn579Thr |
hémizygote |
RLX |
M |
Likely pathogenic (II) |
PS1, PM2, PP2, PP3, PP4 |
Mental retardation, X-linked syn- dromic
(300706) |
|
52 |
Epilepsy panel |
IQSEC2 |
NM_001111125.2 |
c.2272C>T, p.Arg758* |
hétérozygote |
de novo |
F |
Pathogenic (Ia) |
PVS1, PS2, PM2 |
Mental retardation, X-linked 78 (309530) |
|
53 |
WES |
KCNB1 |
NM_004975.2 |
c.128A>G, p.Glu43Gly |
hétérozygote |
de novo |
M |
Likely pathogenic (II) |
PS2, PM2, PP3, PP2 |
Epileptic encephalopathy, early infantile 26
(616056) |
|
54 |
ASD/ID panel |
KDM6A |
NM_021140.3 |
c.2944G>T, p.Gly982* |
hétérozygote |
de novo |
M |
Pathogenic (Ia) |
PVS1, PS2, PM2 |
Kabuki syndrome 2 (300867) |
|
55 |
WES |
LINS1 |
NM_001040616.2 |
c.1921del, p.Glu641Serfs*4 |
homozygote |
RA |
M |
Likely pathogenic (V) |
PM2, PM3, PP2, PP3, PP4 |
Mental retardation, autosomal recessive 27
(614340) |
|
56 |
ASD/ID panel |
MED13L |
NM_015335.4 |
c.1708_1709del, p.Ser570Phefs*27 |
hétérozygote |
de novo |
F |
Pathogenic (Ia) |
PVS1, PS2, PM2 |
Mental retardation et distinctive facial features
with or without cardiac defects (616789) |
|
57 |
ASD/ID panel |
MYT1L |
NM_015025.3 |
c.1579G>C, p.Gly527Arg |
hétérozygote |
de novo |
F |
Pathogenic (II) |
PS2, PS1, PM2, PP2, PP3, PP4 |
Mental retardation, autosomal dominant 39
(616521) |
|
58 |
ASD/ID panel |
NAA10 |
NM_003491.3 |
c.236G>A, p.Arg79His |
hétérozygote |
de novo |
M |
Likely pathogenic (II) |
PS2, PM2, PP2, PP3 |
Ogden syndrome (300855) |
|
59 |
WES |
PHF6 |
NM_032458.2 |
c.385C>T, p.Arg129* |
hétérozygote |
de novo |
F |
Pathogenic (Ia) |
PVS1, PS2, PM2 |
Borjeson-Forssman-Lehmann syn- drome (301900) |
|
60 |
WES, Epile- psy panel |
RORB |
NM_006914.3 |
c.640C>T, p.Arg214* |
hétérozygote |
de novo |
F |
Pathogenic (Ia) |
PVS1, PS2, PM2 |
Susceptibility to idiopathic gene- ralized
epilepsy-15 (618357) |
|
61 |
ASD/ID panel |
SHANK3 |
NM_033517.1 |
c.5021G>A, p.Gly1674Asp |
hétérozygote |
DA |
M |
Likely pathogenic (II) |
PP1-S, PM2, PP2, PP3, PP4 |
Phelan-McDermid syndrome (606232) |
|
62 |
ASD/ID panel |
SHANK3 |
NM_033517.1 |
c.3679dup, p.(Ala1227Glyfs*69) |
hétérozygote |
de novo |
M |
Pathogenic (Ia) |
PVS1, PS2, PM2 |
Phelan-McDermid syndrome (606232) |
|
63 |
ASD/ID panel |
SLC6A1 |
NM_003042 |
c.752T>C, p.Leu251Pro |
hétérozygote |
de novo |
F |
Likely pathogenic (II) |
PS2, PM2, PP3,PP2 |
Myoclonic-atonic epilepsy (616421) |
|
64 |
Epilepsy panel |
STXBP1 |
NM_003165.3 |
c.87+1G>T, p.? |
hétérozygote |
de novo |
M |
Pathogenic (Ia) |
PVS1, PS2, PM2 |
Epileptic encephalopathy, early infantile, 4
(612164) |
|
65 |
ASD/ID panel |
SZT2 |
NM_015284.3 |
c.1261+1G>A, p.? c.6113A>G, p.Tyr2038Cys |
hétérozygote composite |
RA |
F |
Likely pathogenic (V) |
PVS1, PM2, PM3, PP2, PP3, PP4 |
Epileptic encephalopathy, early infantile 18
(615476) |
|
66 |
ASD/ID panel |
TLK2 |
NM_006852.3 |
c.1015C>T, p.Arg339Trp |
hétérozygote |
de novo |
M |
Pathogenic (II) |
PS2, PS1, PM2, PP2, PP3, PP4 |
Mental retardation, autosomal dominant 57
(618050) |
|
67 |
WES |
TUSC3 |
NM_006765.3 |
c.787_788insC, p.Asn263Thrfs* |
homozygote |
RA |
M |
Pathogenic (Ib) |
PVS1, PM2, PM3, PP2 |
Mental retardation, autosomal recessive 7
(611093) |
Mutations idenjpgiées chez des patients présentant un TSA dans les
hôpitaux de jour de la région ÎIe-de-France. ASD/ID : panel
TSA/déficience intellectuelle, WES : exome, RA : récessif autosomique,
RLX : récessif lié au sexe, DA : dominant autosomique. ACMG :
classification de l’American College of Medical Genetics. |
Les consultations sur site ont ainsi permis de reconnaître des maladies génétiques
méconnues chez 71 enfants atteints de TSA. Selon les parents, nommer la maladie n’a
pas été perçu comme une « stigmatisation », mais plutôt comme
un « soulagement », une « délivrance » qui les a
aidés à comprendre et à surmonter l’épreuve, à établir des liens avec d’autres
familles confrontées à des situations similaires. Occasionnellement, des couples
se sont plaints que le conseil génétique était arrivé trop tard, alors qu’ils
avaient déjà un enfant (ou apparenté) atteint, ou avaient abandonné le projet
d’avoir un autre enfant. Pour les pédopsychiatres des établissements visités,
nommer la maladie, strajpgier la cohorte au plan étiologique ont été considérés
comme des éléments posijpgs, leur permettant notamment d’accéder aux publications
pertinentes et aux essais cliniques. En l’absence de diagnostic d’organicité, des
rendez-vous de suivi sur place ont été proposés aux familles et l’inclusion dans
les programmes de recherche a été discutée (séquençage complet du génome et de
l’exome). |